Les activités du CIRRELT se déroulent sur deux sites principaux : à Montréal et à Québec, mais il opère comme un centre intégré, avec une équipe de direction, une Assemblée regroupant tous les membres du Centre, un Conseil d’administration, un Comité exécutif et un Comité d'orientation scientifique. L’Assemblée des membres se réunit au moins une fois par année, à l’occasion d’une activité visant à regrouper tous les chercheurs du Centre en un même lieu.

Le CIRRELT est dirigé par un directeur et un codirecteur. De concert, ils assurent l’animation et la coordination scientifiques du Centre et sa gestion au jour le jour. Le Conseil d’administration peut, à la demande du directeur et du codirecteur, nommer des directeurs adjoints dont le rôle est d’assister le directeur et le codirecteur dans l’exercice de leurs fonctions.

Le Conseil d’administration a pour mandat d’exercer tous les pouvoirs nécessaires à l’administration et au développement du Centre et de prendre les décisions majeures concernant la gestion du Centre. Il se compose des personnes suivantes :

L'autorité institutionnelle de chaque institution partenaire ou son représentant

• Edwin Bourget, vice-recteur à la recherche et à la création, Université Laval
• Graham Carr, vice-recteur à la recherche et aux études supérieures, Université Concordia
• Sylvain G. Cloutier, doyen de la recherche, École de technologie supérieure
• Robert Gagné, directeur à la recherche, HEC Montréal
• Rose Goldstein, vice-rectrice (recherche et relations internationales), Université McGill
• Marie-Josée Hébert, vice-rectrice à la recherche, à la création et à l'innovation, Université de Montréal
• Catherine Mounier, vice-rectrice à la recherche et à la création, Université du Québec à Montréal
• Gilles Savard, directeur de la recherche et de l'innovation, Polytechnique Montréal (Président)

Le directeur et le codirecteur du Centre

• Yan Cimon, directeur, Université Laval
• Martin Trépanier, codirecteur, Polytechnique Montréal

Les membres réguliers titulaires de Chaires de recherche du Canada et de chaires industrielles du CRSNG

• Jean-François Cordeau, Chaire de recherche du Canada en logistique et en transport
• Sophie D'Amours, Chaire de recherche du Canada sur la planification de réseaux de création de valeur durable dans l'industrie forestière 
• Pierre L'Écuyer, Chaire de recherche du Canada en simulation et optimisation stochastiques
• Gilbert Laporte, Chaire de recherche du Canada en distributique
• Zachary Patterson, Chaire de recherche du Canada sur les liens entre le transport et l'utilisation des terres pour la durabilité régionale
• Mikael Rönnqvist, Chaire de recherche du Canada sur la recherche opérationnelle en ressources naturelles

Les membres réguliers nommés au Comité exécutif par l'Assemblée des membres

• Jean-François Cordeau, HEC Montréal
• Emma Frejinger, Université de Montréal
• Walter Rei, Université du Québec à Montréal

Les représentants des étudiants et stagiaires postdoctoraux élus par les membres étudiants et postdoctoraux du Centre

• Mohamed-Larbi Rebaiaia, représentant des stagiaires postdoctoraux
• Mehdi Mahnam (3e cycle), représentant des étudiants de 2e/3e cycle

Le Comité exécutif étudie toute question relative au bon fonctionnement et au développement du Centre et adopte à cette fin les mesures appropriées. Il se compose des personnes suivantes :

• Yan Cimon, directeur, Université Laval
• Martin Trépanier, codirecteur, Polytechnique Montréal
• Jean-François Cordeau, HEC Montréal
• Emma Frejinger, Université de Montréal
• Walter Rei, Université du Québec à Montréal

Le Comité d'orientation scientifique est un comité consultatif composé de chercheurs de réputation internationale provenant tant des membres du Centre que d'organismes externes, publics ou privés, et choisis pour leur compétence et l'intérêt qu'ils portent aux activités du Centre. Il se compose des personnes suivantes :

Le directeur et le codirecteur du Centre

• Yan Cimon, directeur, Université Laval
• Martin Trépanier, codirecteur, Polytechnique Montréal

Membres réguliers, titulaires de chaires

• Sophie D'Amours, Chaire de recherche du Canada sur la planification de réseaux de création de valeur durable dans l'industrie forestière 
• Gilbert Laporte, Chaire de recherche du Canada en distributique

Experts internationaux

• Michel Bierlaire, École polytechnique fédérale de Lausanne, Suisse
• Bernard Fortz, Université libre de Bruxelles, Belgique
• Frédéric Semet, École Centrale de Lille, France

Partenaires (industrie et gouvernement)

• Paul Hamelin, GIRO, Montréal
• Danielle Fleury, Direction de l'environnement et de la recherche, ministère des Transports du Québec, Québec