Les activités du CIRRELT se déroulent sur deux sites principaux : à Montréal et à Québec, mais il opère comme un centre intégré, avec une équipe de direction, une Assemblée regroupant tous les membres du Centre, un conseil de direction, un comité exécutif et un comité d'orientation scientifique. L’Assemblée des membres se réunit au moins une fois par année, à l’occasion d’une activité visant à regrouper tous les chercheurs et chercheuses du Centre en un même lieu.

Le CIRRELT est dirigé par un directeur ou une directrice et un codirecteur ou une codirectrice. De concert, ils assurent l’animation et la coordination scientifiques du Centre et sa gestion au jour le jour. Le conseil de direction peut, à la demande du directeur ou de la directrice et du codirecteur ou de la codirectrice, nommer des directrices et directeurs adjoints dont le rôle est d’assister le bureau de direction dans l’exercice de ses fonctions.

Le conseil de direction a pour mandat d’exercer tous les pouvoirs nécessaires à l’administration et au développement du Centre et de prendre les décisions majeures concernant la gestion du Centre. Il se compose des personnes suivantes :

L'autorité institutionnelle de chaque institution partenaire ou son représentant ou sa représentante

• Caroline Aubé, directrice, direction de la recherche et du transfert, HEC Montréal
• Christian Casanova, directeur de la recherche et des partenariats, École de technologie supérieure
• Marie-Josée Hébert, vice-rectrice à la recherche, à la découverte, à la création et à l'innovation, Université de Montréal (Présidente)
• Minodora Iordan, représentant Martha Crago, vice-principale à la recherche et à l'innovation, Université McGill
• Dominique Michaud, représentant Paula Wood-Adams, vice-rectrice par intérim à la recherche et aux études supérieures, Université Concordia
• Olivier Moroni, représentant Eugénie Brouillet, vice-rectrice à la recherche, à la création et à l'innovation, Université Laval
• Jean-Pierre Richer, représentant Christian Agbobli, vice-recteur à la recherche, à la création et la diffusion, Université du Québec à Montréal
• Annie Ross, représentant François Bertrand, directeur, direction de la formation et de la recherche, Polytechnique Montréal

Le directeur ou la directrice et le codirecteur ou la codirectrice du Centre

• Martin Trépanier, directeur, Polytechnique Montréal
• Jacques Renaud, codirecteur, Université Laval

Deux membres réguliers titulaires de chaires de recherche du Canada et de chaires industrielles du CRSNG élus par leurs pairs

• Leandro Callegari-Coelho, Chaire de recherche du Canada en logistique intégrée
• Louis-Martin Rousseau, Chaire de recherche du Canada en analytique et logistique des soins de santé

Un des trois membres réguliers nommés au comité exécutif par l'Assemblée, élu par ses pairs 

• Marie-Ève Rancourt, HEC Montréal

Les représentants ou représentantes des étudiants et étudiantes et des stagiaires postdoctoraux élus par les membres étudiants et étudiantes et stagiaires postdoctoraux du Centre

• Sättar Ezzazi, Université Laval, représentant des stagiaires postdoctoraux
• Peyman Kafaei (3e cycle), Polytechnique Montréal, représentant des étudiants de 2e/3e cycle

Un membre régulier élu à l'Assemblée des membres

• Bernard Gendron, Université de Montréal

Le directeur ou la directrice de l'IVADO

• Luc Vinet, Université de Montréal

Le comité exécutif étudie toute question relative au bon fonctionnement et au développement du Centre et adopte à cette fin les mesures appropriées. Il se compose des personnes suivantes :

• Martin Trépanier, directeur, Polytechnique Montréal
• Jacques Renaud, codirecteur, Université Laval
• Leandro Coelho C., Université Laval
• Marie-Ève Rancourt, HEC Montréal (en congé de maternité) - remplacée par Julie Paquette, HEC Montréal
• Nicolas Saunier, Polytechnique Montréal

Le comité d'orientation scientifique est un comité consultatif composé de chercheuses et chercheurs de réputation internationale provenant tant des membres du Centre que d'organismes externes, publics ou privés, et choisis pour leur compétence et l'intérêt qu'ils portent aux activités du Centre. Il se compose des personnes suivantes :

Le directeur ou la directrice et le codirecteur ou la codirectrice du Centre

• Martin Trépanier, directeur, Polytechnique Montréal
• Jacques Renaud, codirecteur, Université Laval

Membres réguliers, titulaires de chaires

• Emma Frejinger, Université de Montréal, Chaire CN en intermodalité des transports
• Luc Lebel, Université Laval, FORAC

Expertes et experts internationaux

• Bernard Fortz, Université Libre de Bruxelles, Belgique
• Lina Kattan, Université de Calgary, Alberta
• Frédéric Semet, École Centrale de Lille, France

Partenaires (industrie et gouvernement)

• Brigitte St-Pierre, Directrice par intérim de la Modélisation des systèmes de transport, Direction générale de la gestion des actifs routiers et de l'innovation (MTQ-SMII-DGGARI), Québec
• Nancy Laramée, Directrice des Partenariats, IVADO, Montréal