Les activités du CIRRELT se déroulent sur deux sites principaux : à Montréal et à Québec, mais il opère comme un centre intégré, avec une équipe de direction, une Assemblée regroupant tous les membres du Centre, un Conseil d’administration, un Comité exécutif et un Comité d'orientation scientifique. L’Assemblée des membres se réunit au moins une fois par année, à l’occasion d’une activité visant à regrouper tous les chercheurs du Centre en un même lieu.

Le CIRRELT est dirigé par un directeur et un codirecteur. De concert, ils assurent l’animation et la coordination scientifiques du Centre et sa gestion au jour le jour. Le Conseil d’administration peut, à la demande du directeur et du codirecteur, nommer des directeurs adjoints dont le rôle est d’assister le directeur et le codirecteur dans l’exercice de leurs fonctions.

Le Conseil d’administration a pour mandat d’exercer tous les pouvoirs nécessaires à l’administration et au développement du Centre et de prendre les décisions majeures concernant la gestion du Centre. Il se compose des personnes suivantes :

L'autorité institutionnelle de chaque institution partenaire ou son représentant

• Caroline Aubé, directrice, direction de la recherche et du transfert, HEC Montréal
• François Bertrand, directeur, direction de la formation et de la recherche, Polytechnique Montréal
• Eugénie Brouillet, vice-rectrice à la recherche, à la création et à l'innovation, Université Laval
• Martha Crago, vice-principale à la recherche et à l'innovation, Université McGill
• Charles Despins, doyen de la recherche par intérim, École de technologie supérieure
• Marie-Josée Hébert, vice-rectrice à la recherche, à la découverte, à la création et à l'innovation, Université de Montréal (Présidente)
• Catherine Mounier, vice-rectrice à la recherche, à la création et la diffusion, Université du Québec à Montréal
• Paula Wood-Adams, vice-rectrice à la recherche et aux études supérieures, Université Concordia

Le directeur et le codirecteur du Centre

• Martin Trépanier, directeur, Polytechnique Montréal
• Jacques Renaud, codirecteur, Université Laval

Deux membres réguliers titulaires de Chaires de recherche du Canada et de chaires industrielles du CRSNG élus par leurs pairs

• Leandro Callegari-Coelho, Chaire de recherche du Canada en logistique intégrée
• Louis-Martin Rousseau, Chaire de recherche du Canada en analytique et logistique des soins de santé

Un des trois membres réguliers nommmés au Comité exécutif par l'Assemblée, élu par ses pairs 

• Marie-Ève Rancourt, HEC Montréal

Les représentants des étudiants et stagiaires postdoctoraux élus par les membres étudiants et postdoctoraux du Centre

• Sättar Ezzazi, Université Laval, représentant des stagiaires postdoctoraux
• Matthieu Gruson (3e cycle), HEC Montréal, représentant des étudiants de 2e/3e cycle

Un membre régulier élu à l'Assemblée des membres

• Bernard Gendron, Université de Montréal

Le directeur de l'IVADO

• Gilles Savard, Polytechnique Montréal

Le Comité exécutif étudie toute question relative au bon fonctionnement et au développement du Centre et adopte à cette fin les mesures appropriées. Il se compose des personnes suivantes :

• Martin Trépanier, directeur, Polytechnique Montréal
• Jacques Renaud, codirecteur, Université Laval
• Leandro Coelho C., Université Laval
• Marie-Ève Rancourt, HEC Montréal
• Nicolas Saunier, Polytechnique Montréal

Le Comité d'orientation scientifique est un comité consultatif composé de chercheurs de réputation internationale provenant tant des membres du Centre que d'organismes externes, publics ou privés, et choisis pour leur compétence et l'intérêt qu'ils portent aux activités du Centre. Il se compose des personnes suivantes :

Le directeur et le codirecteur du Centre

• Martin Trépanier, directeur, Polytechnique Montréal
• Jacques Renaud, codirecteur, Université Laval

Membres réguliers, titulaires de chaires

• Gilbert Laporte, HEC Montréal, Chaire de recherche du Canada en distributique
• Luc Lebel, Université Laval, FORAC

Experts internationaux

• Michel Bierlaire, École Polytechnique fédérale de Lausanne, Suisse
• Bernard Fortz, Université Libre de Bruxelles, Belgique
• Frédéric Semet, École Centrale de Lille, France

Partenaires (industrie et gouvernement)

• Paul Hamelin, GIRO, Montréal