Le CIRRELT est né en mai 2006 de la fusion du Centre de recherche sur les transports (CRT) de l’Université de Montréal (UdeM), l’École Polytechnique et HEC Montréal, du Centre de recherche sur les technologies de l’organisation réseau (CENTOR) de l’Université Laval et du groupe Polygistique de l’École Polytechnique, auxquels se sont joints les chercheurs de l'UQAM regroupés autour de la Chaire de recherche industrielle du CRSNG en management logistique.